Το Νοσοκομείο Νεάπολης ιδρύθηκε Οκτώβρη του 1944 ως Δημοτικό για τη νοσηλεία και περίθαλψη των απόρων κατοίκων και λόγω των δυσχερών οικονομικών συνθηκών στεγάζεται σε κτίριο το οποίο είχε ανεγερθεί απο τα στρατεύματα κατοχής για “καταναγκαστική εργασία των κατοίκων της περιφέρειας κατά την εποχήν της δουλείας”  .

Συστήνεται δε αρχικά Εφορεία Νοσοκομείου για τη διοίκηση και διαχείριση αυτού αποτελούμενης απο τους : α)  εκάστοτε Δήμαρχο Νεάπολης ως πρόεδρο β)  Νικ. Βελονάκη ιατρό γ)  Γεώργιο Μαστοράκη Απόστρατο Αντισμήναρχο Αεροπορίας ( και μετέπειτα δωρητή)  δ) Μιχ. Σεργάκη δικηγόρο ε) Δημ. φινοκαλιώτη καθηγητή η) Ιωάν. Καλλιατάκη και τον θ) εκάστοτε πρόεδρο Πρωτοδικών Λασιθίου με Προεδρείο του Αδελφάτου τους α) Ιωάν. Καβαλάκη ως Πρόεδρο β) Γεώργιο Μαστοράκη ως Αντιπρόεδρο και γ) Δημ. Φινοκαλιώτης ως Γραμματέας.

Υπηρέτησαν δε στο Νοσοκομεία αρχικά όλοι οι Ιατροί της πόλης εκ περιτροπής ανα δύο (2) μηνιαίως .

Με το Β.Δ. 131/ΦΕΚ33/Α/27-2-1965 έγινε η σύσταση δημοτικού ιδρύματος με την επωνυμία «Διαλυνάκειο Δημοτικό Νοσοκομείο Νεαπόλεως»  -προκειμένου να τιμηθεί ο πρώτος συμπολίτης, που  κληροδότησε ένα ακίνητο στο Νοσοκομείο ο Γεώργιος Διαλυνάς- το οποίο στο άρθρο 2 αναφέρει : « Σκοπός του Ιδρύματος είναι η παροχή δια των κλινικών εργαστηρίων και εξωτερικών ιατρείων αυτού νοσηλείας εις τους ασθενείς της περιφέρειας του Δήμου Νεαπόλεως ».

Με το Β.Δ. 481 ΦΕΚ 152/Α/4-9-1967 υπάγεται στις διατάξεις του Ν.Δ. 2592/53 ΦΕΚ 254/Α/18-9-53 και ως Νοσηλευτικό Ίδρυμα αποτελεί πλέον Ν.Π.Δ.Δ. υπό την εποπτεία του Υπουργείου Κοινωνικής Πρόνοιας.

Με την Υπουργική Απόφαση 4787 ΦΕΚ 175/Β/6-4-1987 γίνεται η αναμόρφωση του Οργανισμού και φέρει πλέον την επωνυμία Γενικό Νοσοκομείο – Κέντρο Υγείας Νεάπολης Κρήτης «Διαλυνάκειο» με σκοπό την πρωτοβάθμια και την δευτεροβάθμια περίθαλψη.

Με την Υπουργική Απόφαση Υ4α/οικ. 48335 ΦΕΚ 1682/Β/16-5-2012 τροποποιείται ο οργανισμός του Νοσοκομείου και εντάσσεται η Κλινική Φυσικής Ιατρικής και Αποκατάστασης .